婴儿益生菌需要根据婴儿用益生菌的适应症来选择，也就是说，要根据婴儿肠道菌群的缺乏程度和疾病的相关性来选择相应的益生菌；
好的益生菌应该是能够通过胃酸和胆盐这两道杀灭细菌的屏障关卡，仍然保持活性，且能分布于肠道部位的益生菌。
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