肺结核菌是否被杀灭

肺结核发病一年半，其中在县医院治疗一年，中途拍ct发现病情恶化，就转院到市传染病医院就医，市传染病医院先采用一线药物加强方案治疗2个月，也无明显变化，于是采用二线药物治疗，昨天刚拍的ct发现也无明显变化。但是右肺已经塌陷，粘连（之前就存在这种情况）。中途做过纤支镜检查以及痰片检查。都显示成阴性。现在市传染病医院不能确定结核菌是否已经被杀灭，请问广大医生们有什么高见呢？指点迷津一下。