新生儿肺动脉高压可能与肺发育不良、肺血管床减少、肺大动脉狭窄导致阻力升高有关。新生儿患有先天性心脏病，会导致肺静脉回流受阻，也可引起肺动脉高压。
患有红细胞增多症会导致血液粘度增高，从而会使血流阻力增高，引起肺动脉高压。
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