新生儿甲状腺功能减退主要症状是以代谢率下降和兴奋性减低为主。最初可以没有症状，因为没有特异性，而且起病比较隐匿，时间可以长达几年或者十几年。
典型症状是以代谢率下降和交感神经兴奋性减低为主，可以表现为畏寒、手脚肿胀，另外嗜睡、乏力、记忆力下降。
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