支原体感染的疗程因病变部位而异，轻症上呼吸道部位感染疗程通常为2—3wk，重者则需4wk，个别会更长，部分患儿在治疗后支原体仍可持续存在于呼吸道分泌物中，达数月之久，造成复发及播散。
支原体痊愈出院后，多需要继续服用大环内酯类药物治疗一段时间后复查支原体。
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