小孩肠炎建议选用双歧杆菌或羧酸乳杆菌。粘膜保护剂也是应用到的，能够维护和修复肠粘膜屏障，可常用思密达。如果是大肠杆菌性的肠炎可以选用氨苄青霉素。
抗生素诱发的肠炎应该停用原来的抗生素，可以选用青霉素或抗真菌的药物，像寄生虫的肠炎可以选用灭滴灵。
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