柳氮磺胺吡啶的副作用较多，在开始治疗的2～3个月内，常见的副作用有胃肠道和中枢神经系统症状，如恶心、呕吐、腹泻、抑郁、头痛等。
柳氮磺胺吡啶对造血系统的毒性虽然少见，但也可引起粒细胞减少症、血小板减少症、溶血性贫血等。其他的副作用还有皮疹、肺炎、男性不育等。
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