肠道内的感染由细菌和病毒造成，特别是致病性大肠杆菌，是主要的致病菌。假如孩子有病而大量不合理地使用抗生素，还会造成霉菌对胃肠的侵犯。
上呼吸道的炎症、肺炎、肾炎、中耳炎等胃肠道以外的疾病，可以由于发烧和细菌毒素的吸收而使消化酶分泌减少，肠蠕动增加。
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