病理性闭经的原因是由於生殖器下端段的先天性缺陷，处女膜闭锁或后天性损伤造成粘连，使月经不能外流形成隐经或假性闭经。
先天性无卵巢或发育不良，卵巢损坏或切除，卵巢肿瘤，卵巢功能早衰导致卵巢闭经。脑垂体损坏，脑垂体肿瘤，原发性脑垂体促性腺功能低下，形成脑垂体性闭经。
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