大便酸中毒被认为是由功能性消化不良引起的。功能性消化不良患者不仅会影响消化系统组织的正常功能，还会引起胃肠菌群失调。
当大量有害细菌在胃，肠道和其他消化道组织中增殖和生长后，胃肠液的酸碱度会出现异常。
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