角膜炎的病原菌很多，病毒性、细菌性、真菌性等等。不同病原菌引起的角膜炎所使用的治疗药物也明显不同。如果是细菌性角膜炎，则使用抗生素类眼药水（托百士、氧氟沙星等）；
病毒性角膜炎使用抗病毒药水（阿昔洛韦等），而真菌性角膜炎则使用抗真菌的药物（咪康唑等）。
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