肛瘘的病因较多，较常见的有肛周脓肿破溃或切开引流术后，或者是直肠处的异物损伤，肛裂处的反复感染，非特异性的肠炎，如克罗恩病，溃疡性结肠炎等。
典型的肛瘘有内口，外口及瘘道。肛瘘的治疗保守无效，需要进行手术，而手术的方式，根据肛瘘的类型而定。
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