你好！现怀孕四十天了，期间吃了三十六粒氟康唑胶囊。

问题分析：你好，一般来说服用氟康唑胶囊应采取适当的避孕措施，直至治疗结束后的下一个月经周期。其有可能造成骨胳，泌尿生殖道，心血管和眼部畸形以及染色体异常和多发性畸形。

意见建议：你的情况需要权衡利弊决定是否继续妊娠。如果想要保留宝宝，需要做好羊水穿刺、四维彩超等排畸检查。