因乳头状瘤有恶变可能，因此应积极治疗，肿瘤小可在内镜下摘除或激光切除，肿瘤巨大需经食管局部切除或对病灶进行监测。
因为有的EP与HPV有关，所以上述操作能否触发传播仍是一个值得注意的事，故切除时应小心操作。伴HPV的EP预后是否差些，需进一步调查。
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