毛囊炎有不同的类型，不同的类型病因不一样，所以治疗方案也不一样。细菌引起的毛囊炎根据轻重选择局部或者系统的使用抗生素治疗。
马拉色菌毛囊炎是真菌引起可以采用抗真菌药物治疗，嗜酸性毛囊炎为非特异性炎症，需要使用糖皮质激素治疗。
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