病因可以是细菌,病毒,农药,食物本身的毒素,食物和食物起的化学作用,或其他无机性物质污染等. 细菌类的成因包括: 最常见的是食物受细菌感染,再煮熟或半熟的食物,特别容易染有细菌.苍蝇和不合卫生的烹煮器皿. 在室温下存放食物,很可能受到严重的细菌污染.雪柜应在4度之下,热柜应在六十度以上,可令细菌停止生长繁殖(其实未死的.葡萄球和三门杆菌通常来自处理食品的人员. 尤其是含有奶类食品,经加工的肉类,鱼生寿司等. 葡萄球菌,大肠杆菌及沙门杆菌是最常见的病菌. 污染的禽类,肉类及鱼类中,常可发现弯曲杆菌.这种细菌常会引起腹泻和剧烈的腹痛. 大肠杆菌有很多种,大多无害,但有几种可引起初生婴儿的急性胃肠炎,这种感染常在育婴室中蔓延.这和奶樽消毒情序有关. 病毒感染往往也可引致胃肠炎及肠炎.轮形病毒是引起儿童腹泻的最常见病原体.除此之外,可引致胃肠炎的病毒还有腺病毒,肠病毒,手足口病毒.等等.这种感染可在两天之内发病. 有些植物在生长过程中所产生的毒素,也可以引致胃肠炎,如紫杉,青性的茄属植物,牵牛花及七叶树属植物等,都含毒素,而马铃薯块茎所生的嫩芽,也是有毒的. 有青的化学品,如砷,铅及各种杀虫剂等.若服下这些化学品,在数小时内即可发病. 阿米巴病,梨形鞭毛虫病等疾病,也可以引起胃肠炎的徵状。
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