头部受到打击或身体其他部位受到撞击，可使脑干撞击在小脑幕裂孔的切迹缘上或枕骨的斜坡上，或沿纵轴向下剧烈移动或扭转而造成脑干的损伤;或头部外伤导致颅骨严重变形，通过脑室内脑脊液冲击造成中脑导水管周围或四脑室底的损伤。
原发性脑干损伤常合并有大脑半球弥漫性损伤。
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