肛门直肠周围脓肿是引起肛瘘的根本原因。脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，其主要原因：肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。
肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。
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