病因主要有以下方面：血行感染糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等病，因机体抵抗力降低，常由血行感染引起肛瘘；直肠肛门损伤。
外伤、吞咽硬物，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口引起；由于痔疮而引起的瘘道；肛裂反复感染；便后没有清洁及饮食习惯。
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