在支原体肺炎早期可以使用适当抗菌药物可减轻症状及缩短病程。如果是支原体肺炎剧烈呛咳者，应适当给予镇咳药。由于肺炎支原体无细胞壁，一般的抗菌药物是无效的。
若继发细菌感染，可结合痰病原学检查，选用针对性的抗菌药物治疗，疗程一般2～3周。
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