器质病变是指肠道本身病变引起的腹泻，肛肠科常见的引起腹泻的疾病有溃疡性结肠炎、克隆氏病、憩室病、肠道肿瘤以及缺血性结肠炎等。
还有一些特殊的结肠炎，如细菌性痢疾、阿米巴性痢疾、肠结核以及肠道寄生虫病等，也有腹泻症状。建议做肠镜。
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