主要的后遗症是影响人体的免疫系统，需要慎重操作。扁桃体也是咽喉部位最大的淋巴组织，在人们比较小的时候属于比较活跃的免疫器官，包括淋巴细胞，如T细胞、B细胞、吞噬细胞等。
因此它具有体液免疫作用，可以帮助人们产生各种免疫球蛋白，也有一定的细胞免疫功能。
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