急性肺脓肿以往病死率为34％，抗生素使用后，病死率已在5％以下。吸入性肺脓肿或继发于肺炎的肺脓肿，经及时合理的治疗，7～21天体温可正常，但脓腔闭合需数月。
慢性肺脓肿可合并脑脓肿、其他转移性脓肿，淀粉样变、致命性大咯血及支气管胸膜瘘等并发症，目前已不常见。
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