妊娠合并肺栓塞需要先选择抗凝的药物进行溶栓的治疗，比较常用的药物是肝素。也可以使用维生素K拮抗剂、链激酶、尿激酶、阿替普酶等药物进行肺部栓塞的治疗。
如果是药物治疗没有效果的情况下，可以考虑通过手术的方式进行治疗的。
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