高位肛瘘比较严重，而且瘘管的位置比较高比较深。一般指瘘管已经到达坐骨直肠间隙或者骨盆直肠间隙，而低位肛瘘指瘘管的位置较浅，多在括约肌间隙、皮下脂肪间隙、或者肛门后间隙。
高位肛瘘手术较复杂，低位肛瘘一般位置较低、浅，手术难度较低。
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