肛瘘主要是感染性疾病，多由细菌感染引起，饮食不节：如食用辛辣刺激食物、过量饮酒或食用海鲜导致腹泻，长期反复的腹泻引起局部感染，蔓延至肛门周围，形成肛瘘，是因为包括血液疾病，其免疫力和全身抵抗力下降；
传染性疾病如结核，感染结核杆菌后，引起肛周病变。
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