12岁小男孩阴茎短小，包皮过长

主要原因是功能性的和器质性的，功能性的又称为心理因素，如长期手淫造成心理负担，与配偶日常关系不协调、性刺激不适当或不充分、不良性经历，性生活环境不良等因素均可引发。

器质性的因素多见于阴茎发育的异常，内分泌，神经血管的病变，阴茎局部的病变，前列腺炎，睾丸炎，等生殖系统的炎症建议您及时到正规的男科专科医院进行相关检查，查明原发病因后，针对原发病进行治疗。