在临床治疗上，经常将肛瘘分为低位肛瘘和高位肛瘘两种。如果肛瘘的内口在齿线以上就叫做高位肛瘘，一般高位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以上。
低位瘘是病情相对较轻的阶段，一般医院即可治疗，而复杂性高位瘘的治疗有较多的要求，专家治疗要分阶段的进行。
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