益生菌的主要作用是改善腹泻、便秘，调节机体免疫力，防止过敏等。另外，益生菌在一定的程度上也起到抗肿瘤、治疗疾病的作用。
益生菌还对女性生殖系统的感染有一定的预防作用。另外益生菌的可以产生各种消化酶，并且能够缓解由于饮食不当或者有长期运用抗生素导致的菌群紊乱等。
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