引起直肠炎的病因可为细菌、霉菌、病毒、原虫等微生物感染造成，过敏、变态反应等原因所导致。长期过度疲劳、情绪激动、过度精神紧张，加以营养不良，都可成为慢性肠炎的诱因。
也可继发于咀嚼障碍、胃酸缺乏、胃大部切除术后、肠道寄生虫病等疾患。
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