我吃着甲亢的药，但是怀孕了

根据你描述的情况来看，目前应该是孕早期，宫腔内尚未见到孕囊，一方面，不能排除宫外孕，另一方面，如果能够正常着床到宫腔，在此期，胚胎对药物的反应是比较敏感的。

此期如果药物对胚胎造成比较大的损害，一般会发生自然流产，如果没有造成损害，或者损害轻微，胚胎会继续正常发育的。由于你目前患有甲亢，还是可以应用抗甲状腺药物的，但要用对药物，早期丙硫氧嘧啶较安全，甲巯咪唑则属于禁忌。