肠镜检查是会有疼痛感觉的。与胃镜检查相比，由于结肠肝曲、脾曲等会有生理性的弯曲，因此肠镜检查更加复杂，难度更大，病人的不适反应也就更明显。
而且在行肠镜检查的过程中，还需要不断注气，也会加重病人的疼痛、腹胀等症状。
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