对于肥厚型心肌病的治疗，主要是药物的治疗和非药物的治疗。非药物的治疗主要针对流出道的梗阻，实行无水酒精的化学消融或者是外科手术的局部切除。
如果是猝死高发率很高的病人，可以植入ICD来预防猝死；如果是流出道梗阻合并心动过缓的病人，可以植入起搏器治疗。
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