重症支原体肺炎有时候会累及重要的器官，像心脏、肺、肾脏，引起相关的器官功能衰竭。有可能不一定完全恢复到起病之前功能状态，遗留像慢性心脏功能不全、慢性呼吸功能衰竭、慢性肾功能不全等情况。
肺部有可能会继发支气管扩张，或者遗留切痕、疤痕，但是总体来说相对比较轻一点。
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