确诊龟头炎如念珠菌感染，引起者病变部位取材直接镜检和培养，可找到念珠菌阿米巴原虫，引起者取分泌物做涂片检查，可找到阿米巴原虫浆，细胞性龟头炎病理改变具有诊断价值，本病应与药物引起的固定性药疹等鉴别。
龟头炎主要是通过临床表现，结合病原学和病理检查，来确诊。
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