我怀孕两个月时大腿内侧又长了一小堆水泡。

你好，这种情况可能是病毒感染引起的疱疹，最好是完善检查，确诊后再治疗。如果确实是疱疹，对胎儿发育应该是有不良影响的，一定要注意按时孕检，如果是有胎儿发育的异常，最好是及时终止妊娠；

疱疹可以外涂抗病毒药物治疗试试，如：阿昔洛韦膏，一定要坚持按时用药，注意复查，祝您健康。