新生儿甲低一般建议治疗开始越早，远期预后越好。在新生儿期发现，及时给予有效治疗，神经系统症状常是可逆的。医学上一般认为如果在2个月内发现，及时治疗，终身服药，智力基本正常。
大于10个月发现、治疗的，智商只能达到正常的80%，大于2岁发现的，智力落后不可逆。
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