因为感染部位不一样，所以造成的症状不一样。肺部被支原体感染时会伴有头痛、咽喉痛、发热、咳嗽等异常症状。眼睛被衣原体感染后，会造成流泪、咽部不适等症状。
泌尿道被衣原体感染后，会出现外阴瘙痒、尿痛、尿急等症状。
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