入侵身体导致扁桃体炎的病原微生物相当多，百分之七十是病毒感染，像鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流行性感冒病毒、副流行性感冒病毒、肠病毒等。
其余少数是细菌性感染引起的。病毒感染后易继发细菌感染，产生较重的临床表现。
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