我手被圆珠笔扎了个小孔

看您的描述，如果颜色进入皮肤的话，应该是没有太大问题的，色素留在皮肤中与破伤风是没有太大关系的，破伤风不会因为色素的残留导致的，破伤风是一种病菌，通常来说是厌氧的。

建议您用一点生理盐水或者是酒精来清洁伤口比较合适，如果有流血的话，要适当地止血，如果伤口较深的话，建议挤压一下比较合适。