衣原体感染的症状，根据不同的部位而表现的症状不一样。比如肺炎衣原体，引起上下呼吸道感染和肺炎衣原体感染的肺炎，与其他肺炎相比的症状和体征上没有太大的差异。
潜伏期是10-65天，开始的时候上呼吸道症状，如咽痛、声哑、流涕以及咽痛为常见。
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