临床上肺炎疫苗主要用于预防因肺炎球菌感染和B型流感嗜血杆菌感染而导致的肺炎和其他疾病，如支气管炎、脑膜炎、心内膜炎等，患者在注射疫苗之后，免疫功效可维持五年以上。
但对于因其他病菌感染引起的肺炎，肺炎疫苗起不到免疫作用。
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