我父亲今年8月份高烧38-40度不退，到市三甲医院

问题分析：根据你所描述的情况，患者近期曾有发热、尿蛋白增高等情况，诊断为急性肾盂肾炎，经过治疗病情好转，但近期再次出现尿蛋白升高，肾脏有囊肿，需要考虑肾盂肾炎再发的可能，经抗感染治疗效果仍不佳，患者仍有低热现象。

意见建议：需要考虑病原微生物耐药的可能，建议进行肾脏活检，尿培养等检查，明确诊断，根据药敏结果选择敏感抗生素治疗。