真菌性肺炎的患病者可有咳嗽、发热、肌肉疼痛和胸痛感染可导致急性肺炎或发展为慢性肺炎其症状可持续数月极少数情况下感染可扩散至身体其他部位尤其是骨髓、肝、脾和胃肠道艾滋病及其他免疫系统受损者可出现播散性感染通常痰液真菌检查和血液抗体检查可确定诊断;
但是血液检查仅能证实曾接触过真菌并非真菌致病的证据
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