我五月份去妇科检查时发现子宫附件有囊肿，巧克力囊肿

问题分析：您好，虽然超声检测只能初步判断可能是巧克力囊肿的情况，并不是确诊的方式，如果长时间存在附件区包块，最好还是手术治疗。

意见建议：建议您应该根据手术中的情况，才能最终确定附件区包块的性质，建议您应该根据您的具体情况，参考一下医生的建议，选择合适的时间进行治疗，祝您身体健康。