支气管扩张感染的病原菌多为革兰阴性杆菌，常见流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯杆菌、铜绿假单胞菌等，可针对这些病原菌选用抗生素，应尽量做痰液细菌培养和药敏实验，以指导治疗。
伴有基础疾病（如纤毛不动症）者，可根据病情，长期使用抗生素治疗。
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