肛瘘炎多为化脓性被传染所致，少数为特异性被传染，如结核、克隆病，溃疡性结肠炎更少见。青春期人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特殊是肛腺开始发育增殖，男青年较女士增生分明。
肛腺分泌旺盛，加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易被传染导致肛腺炎导致肛瘘。
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