请问晚上睡觉醒来做舌根上方疼痛怎么办?

从你的描述来看估计你应该是咽炎。咽炎常因受凉，过度疲劳，烟酒过度等致全身及局部抵抗力下降，病原微生物乘虚而入而引发本病指导意见选用抗病毒、抗菌药物治疗。

勿饮烈性酒和吸烟，饮食时避免辛辣、酸等强刺激调味品；生活起居有常，劳逸结合，及时治疗各种慢性疾病，保持每天通便，清晨用淡盐水漱口或少量饮用淡盐水