胎儿耳朵畸形的原因是家族遗传问题，也就是基因问题，决定耳朵的基因有缺陷，所致胎儿在母体内时不能指导氨基酸合成蛋白质。
另一种是外因，也就是在怀有孩子期间吃了一些药物，或者孕妇受到环境的辐射或其他外因，也都会因其胎儿在母体内的形成，分化和生长。
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