支原体感染发烧可以进行规范的抗生素抗感染治疗。早期使用适当的抗菌药物，可以减轻症状以及缩短病程。支原体的感染有自限性多数的病例不经治疗可以自愈。
若继发其他的细菌感染可以根据病原学检查选用针对性的抗菌药物进行治疗。针对剧烈的呛咳应该给予镇咳药。
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